Sbírka Městského muzea Blatná je od roku 2002 zapsaná v Centrální evidenci sbírek Ministerstva kultury ČR pod číslem MBL/002-05–22/285002, a to jako sbírka regionální. Je rozdělena na několik podsbírek dle vědních oborů.
Podsbírka archeologie
fond A (archeologie od dávné minulosti po dobu hradištní)
Podsbírka historická
fond HA (historická archeologie, od doby hradištní po současnost) fond HH (hudební nástroje) fond HI (historie – zemědělské a řemeslné nářadí, keramika, textil, sklo, porcelán, liturgické předměty, hodiny, …) fond HI.C (cín)